JB後的i-phone4 i tunes的問題

請問一下,我從i-tunes下載東西,但是要同步時,他會跳出一個視窗說:確定要將應用程式從i-phone中移除嗎?這將從i-phone刪除這些用程式和資料,請問一下,若我按了移除後,jb資料是否就會被移除還有jb後是不是就無法使用i-tunes來下載應用程式??請專業的大大們幫我依下$$
我的手機版本是5.0.1的!!!!