為了節約成本，DNA檢測可能會漏掉某些致病基因

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一項新研究表明，那些用於尋找與疾病相關基因的普通DNA測試，可能會遺漏關鍵的遺傳風險指標。

DNA檢測時使用的全外顯子組測序技術僅對蛋白質編碼區進行測序，而不是整個基因組，該技術省時間省金錢，已被用於許多研究中，從而能確定與疾病相關的基因，並通過臨床實驗室診斷出遺傳性疾病患者。

然而一項新研究表明，這些測序通常會錯過基因組致病基因的子集突變，這是由於為了節約成本，這些區域讀取的次數較少。

研究人員發現了832個在測序平台上低覆蓋率的基因。這些基因與白血病、牛皮癬、心力衰竭等疾病有關，可能導致相關疾病的研究人員在研究過程中錯過了這些基因。（圖片來源：Carley Labelle/Penn State）

賓州州立大學助理教授Santhosh Girirajan表示：「雖然都知道在全外顯子組測序的覆蓋範圍內，對測序期間給定DNA片段的平均讀取次數是不均勻的，但這是第一個真正量化DNA檢測的新方法。」

研究人員開發出了兩種識別全外顯子組序列低覆蓋率區域的方法，打包成一個開源軟體供其他研究人員使用。

全外顯子組測序技術可能會因為某些染色體特徵導致精度有限，從而導致低覆蓋率。在ATCG四種脫氧核糖核苷酸多次重複的高度延伸區域，測序儀會無法正確地讀取DNA。事實上，研究顯示60%的低覆蓋率區域都出現在重複的基因序列附近。

比如與非重複序列相比，含有重複序列的MAST4基因的覆蓋率少了3倍。

其中一個解決方案是對DNA的所有鹼基對進行檢查，而不是只檢測包含基因的區域。研究人員發現，比起全外顯子組，全基因組的覆蓋率出現低覆蓋率的情況明顯更少，而且其覆蓋範圍內的分佈一致性更好。但是同時，全外顯子測序的成本，還是明顯低於全基因組測序的成本。

出生缺陷基金會，美國國立衛生研究院，大腦行為研究基金會，賓州哈克生命科學研究院，賓州科學實驗站資助了此研究。

蝌蚪五線譜編譯自futurity，譯者 狗格格，轉載須授權