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《校量數珠功德經》記載：「若用菩提子為數珠者，或用掏念，或但手持數誦一遍，其福無量。」 正因為菩提子意義深遠，很多的佛珠都是以菩提命名。佛門修行人，一般必備至少一串菩提材質的佛珠或念珠或手珠。鳳眼菩提佛珠是藏傳佛教極為推崇的佛珠品類之一，在藏傳佛教中，菩提子佛珠即指鳳眼菩提佛珠。近代對於漢地影響最大一位藏密祖師諾那活佛曾開示說：「最好有一串鳳眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大」。格魯派祈竹仁波切也開示說：「佛陀是在菩提樹下成道的，菩提珠本身的堅硬特質又有吉祥的表義，所以菩提珠適合作任何法門的修持」。金安一居士所著《密宗輯要》一文也說：「修一切法均可用鳳眼菩提子珠。」漢傳佛教中，也不乏青睞鳳眼菩提者。如凈土宗大德黃念祖居士，他持用鳳眼菩提，而且這串鳳眼念珠在往生后化為念珠舍利（詳見後面的資料）；台灣散文家林清玄居士也偏愛鳳眼菩提，他著有一篇散文《鳳眼菩提》，即以其珍愛的一串鳳眼菩提為線索展開，頗為引人入勝。索達吉堪布著作《密宗虹身成就略記》記載：黃念祖老居士於1992年 3月27日凌晨示疾一笑往生，去世后十二天火化，抬遺體時遺體柔軟，並感到明顯變輕，手指都能活動，時而發出奇香。火化后，老人隨身帶去的鳳眼菩提念珠經歷大火而不壞，遺骨潔白如玉，並從骨灰中先後拾得五色舍利三百餘粒。二手持珠當心上，靜慮離念心專註，本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。設安頂髻或掛身，或安頸上及安臂，所說言論成念誦，以此念誦凈三業。由安頂髻凈無間，由帶頸上凈四重，手持臂上除眾罪，能令行人速清凈。若修真言陀羅尼，念諸如來菩薩名，當獲無量勝功德，所求勝願皆成就。密教中由於三部(胎藏界)、五部(金剛界)修法之不同，對於佛珠也有著特殊的要求，與平時常用的佛珠相比，是有所不同的。據《蘇悉地羯羅經》說： 「佛部用菩提子珠，觀音部用蓮花子珠，金剛部用嚕椰羅叉子珠。」又據《守護經》及《瑜伽念珠經》說：「佛部用菩提子珠，金剛部用金剛子珠，寶部用金等諸寶珠，蓮花部用蓮花子珠，羯磨部用種種和合珠。」又近人金安一居士所著《密宗輯要》一文說：「修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修壞法及長壽法用珊瑚珠，修誅法用人頭骨珠，修觀音法用菩提子珠，修一切法均可用鳳眼菩提子珠。