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北京時間3月19日，2016-17賽季CBA半決賽，遼寧男籃對陣新疆男籃第五場的比賽在本溪體育館展開角逐，經過四節較量，遼寧隊以103-111不敵新疆隊，總比分1-4遭到淘汰，新疆隊與廣東隊會師總決賽。賽后，周琦表示，遼寧隊輸球因為傷病過多，夏天的全運會他會代表遼寧出戰。「我覺得這個系列賽，對於兩隊來說，都是非常重要的。」周琦說，「對我來說意義更加不同，遼寧隊很強，只是他們傷了很多人，我們需要尋找問題，並且思考如何去解決。」在CBA賽季結束后，周琦將奔赴休斯頓，與火箭隊一起訓練。8月，第十三屆全運會將在天津舉行，周琦表示，他會代表遼寧隊出戰全運會。另外一場半決賽，廣東隊戰勝深圳隊，闖進總決賽，對於總決賽，周琦說：「還是希望自己能夠發揮好，希望隊伍和自己都有好的狀態，第一次打總決賽，做好自己最重要一些。