Zi 字媒體

ChIP-seq是一種結合免疫共沉澱和二代測序來研究組蛋白或轉錄因子與DNA之間相互作用的技術。在這類研究中，很多因素都會影響研究結果，因此要做足功課才能獲得一個接近完美的研究結果。需要做哪些功課呢？小編帶著大家一起來看一下~樣本準備ChIP實驗中不同的研究對象需要的樣本量是不同的。因組蛋白的表達量相對較高，如果研究組蛋白與DNA的相互作用，需準備的細胞量為105-10667。當樣本是組織時，就需根據組織樣本能提出的染色質量決定，與植物相比，一般動物組織需求量較少。抗體選擇ChIP實驗中需求的抗體至少是ChIP級，即我們在查詢抗體時需有「ChIP-Grade」標識。一般常見的組蛋白H3K4me3、H3K9me3等都有對應的ChIP級商業化抗體，常用的抗體牌子有abcam、merck millipore等。對於沒有ChIP級抗體的組蛋白或轉錄因子，可通過轉標籤蛋白進行，最經常使用的標籤包括HA、Flag、GFP、c-myc等。 我們可通過兩種方式驗證抗體是否可以跨物種使用： 通過比對目的蛋白在兩個物種中序列的同源性。若同源性在80%以上，該抗體就可以跨物種使用。 小編給大家分享一個抗體查詢網址：https://www.citeab.com/browse/suppliers，可查詢目的蛋白有無相應的抗體。 生物重複ChIP-seq是否要設置生物學重複一直是大家比較關心的問題。由於ChIP實驗操作難度較大、步驟繁瑣、影響因素多， 所以ChIP-seq中生物學重複的一致性相對較差，很多人都不建議設置生物學重複。但近幾年很多高分文章在進行ChIP-seq研究時都設置了大量的生物學重複。鑒於這兩種情況，我們可以得出兩個結論：ChIP-seq可以不設置生物學重複；如果設置生物學重複，要儘可能增加重複個數。 小編給大家分享一篇設置多個生物學重複的文章供大家參考：Histone Acetylome-wide Association Study of Autism Spectrum Disorder. DOI:http://dx.doi.org/10.1016/j.Cell.2016.10.031對照設置 做ChIP實驗時經常要設置非特異抗體IgG為陰性對照，那麼ChIP-seq需要用IgG富集的產物進行背景噪音的去除嗎？No！一般不建議用IgG產物作為ChIP-seq的對照，原因如下： 大多數IgG抗體與轉錄因子或組蛋白抗體不是來源於同一動物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA，導致後期建庫過程中PCR循環數增加，不能達到作為對照去除背景噪音的目的。 Input可以很好的避免上述問題，起到去除背景噪音的作用。此外通過IP與input比較可以驗證染色質斷裂效果。小編今天要分享的內容就這麼多，都get了嗎？