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一般來說，對於低中危的骨髓增生異常綜合征病人而言，移植不是一線首選的治療方案，對於部分高危嚴重的病人尚會考慮到造血幹細胞移植，有望改變自然病程但存在不可忽視的高風險。細細了解有關風險因素，可以說骨髓移植對於骨髓增生異常綜合征是一種走投無路、殊死一搏的治療方式，成即勝，不成即敗，移植后的諸多關卡，需要病友有信心且幸運的通關，才有望獲得長期生存。多項概率統計：MDS病人自體幹細胞移植MDS強烈化療緩解率在15-65%，但緩解期短，複發率高。染色體核型有重要預后價值，正常核型組無病生存為16.5月，異常組為4月。EORTC和相關腫瘤中心(MDAnderson)的結果都證明MDS化療的CR和EFS均低於AML。歐洲骨髓移植協作組採用自體移植治療79例MDS/sAML，2年生存率、無病生存率和複發率分別為39%，34%和64%。比較了異基因移植和自體移植治療MDS159例的結果顯示，4年無病生存的分別為23%和22%。結果表明異基因移植和自體移植都可以用於治療高危MDS/sAML。研究結果同MDAnderson腫瘤中心應用含大劑量Ara-C方案治療MDS的結果進行了比較，CR無差異，4年無病生存移植組高於化療組(29%和17%)，OS無差異。