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1、病因肝囊腫大多為肝內小膽管發育異常所導致的；而肝癌的發病多與慢性肝病（尤其是乙型肝炎）、環境污染、飲食和遺傳等多種因素有關。2、人群特徵肝囊腫多為先天性的，男女發病無明顯差異，且可發生於任何年齡；而肝癌男性發病的率高於女性，中老年人居多。3、癥狀不同只有當肝囊腫增大到一定的程度后或囊腫壓迫鄰近臟器時才會出現右上腹不適或隱痛、食后飽脹和發熱等症，否則一般沒有任何癥狀；而肝癌患者常有肝區疼痛、黑便、黃疸、腹水、內出血等癥狀。4、體征不同肝囊腫一般沒有明顯體征，體積較大者可在肝區觸及無疼痛囊性包塊、肝大；而肝癌可在肝區摸到質地堅硬的腫塊外，還會兼有肝硬化的一些體征。5、影像學表現肝囊腫顯示為液性的佔位；而肝癌則常顯示為實質性的佔位。6、血清甲胎球蛋白（AFP）檢測肝囊腫檢查結果呈陰性；而肝癌血AFP檢查陽性率在70%左右。