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自瀕海戰鬥艦服役之後，一直受到成本超支和故障頻出的困擾，美軍最先為瀕海戰鬥艦設定的封頂價格是2.2億美元，然而項目開始后成本彷彿就像脫韁野馬一樣不受控制。2008年，瀕海戰鬥艦的價格上漲了2.5倍達到5.5億美元，到2009年美軍拿到首艘瀕海戰鬥艦的時候已經支付了6.37億美元，而「獨立」號更是超過了7億美元，這幾乎可以用來購買一艘六七千噸的驅逐艦了。瀕海戰鬥艦另一個被詬病的地方是故障頻發，美國政府監督組織曾披露，從2008年接收「自由」號瀕海戰鬥艦到2011年該艦共出現了640處設備故障，平均每三天就要出現兩次故障，一個特別危險的例子是該艦在一次緝毒作戰中出現全船斷電，導致艦艇失控，如果這種情況出現在作戰中很可能是致命的。更不幸的是「故障頻發」幾乎是瀕海戰鬥艦的通病，據媒體報道僅在2015年底到2016年9月就先後有「密爾沃基」「沃斯堡」「自由」和「科羅納多」4艘瀕海戰鬥艦出現過嚴重故障，佔到服役總數的一半。