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錯畸形也具有一定的遺傳性，目前錯畸形被認為是多基因遺傳，常常有家族傾向。 人類在數十萬年的進化過程中，從原始時代的生食逐漸過渡到現代的熟食，飲食也越來越趨向精細化，導致人體咀嚼器官逐漸退化。在咀嚼系統的退化程度方面，肌肉退化程度最大，頜骨次之，牙齒最小。頜骨與牙齒退化程度不一致，導致牙量和骨量的不協調，牙齒產生擁擠，錯畸形由此出現。 個體發育與其他遺傳特徵一樣，錯畸形也可以由親代遺傳給子代。父母雙方牙形態差異較大者，子代通常更容易患錯畸形。 錯畸形的遺傳因素約佔錯畸形病因的29.4％。常見遺傳因素的錯畸形有顏面不對稱，牙間隙，牙列擁擠，牙的數目、形態、萌出時間異常，下頜前突，上頜前突，下頜后縮和深覆等。遺傳性錯畸形矯治比較困難，應爭取及早明確診斷並制訂治療計劃，選用適宜的矯治器，治療結束以後堅持進行長期隨訪，矯治后也需作較長時間的效果保持。