萬人漢族女性全基因組測序成為世界最大種族基因資源

近期，來自英國牛津、華大基因以及美國相關機構的研究人員，在國際學術權威刊物 NATURE 出版集團旗下子刊《Scientific Data》雜誌發表了題為「11,670 whole-genome sequences representative of the Han Chinese population from the CONVERGE project」的文章。在這項研究中，研究人員使用重度抑鬱症（MDD）CONVERGE（China, Oxford, and Virginia Commonwealth University Experimental Research on Genetic Epidemiology）聯盟中 11670 名漢族女性的全基因組測序數據（低覆蓋度）。這些樣本來自 23 個省 58 家醫院，構成了全世界最大的種族全基因組測序資源。基於這些數據，一共得到了 2 千多萬個高質量的基因組 SNP 位點，目前為止是東亞人群最大的 SNP 數據集。基於這些人群 SNP 變異信息，可以成功開展對於重度抑鬱症的全基因組關聯分析。此外，結合其他群體的數據，還可以進行進化遺傳學等方面的研究。

此前，來自英國牛津大學、台灣長庚大學、華大基因和美國弗吉尼亞聯邦大學的研究人員，在 Cell 子刊《Current Biology》發表題為「Genetic Control over mtDNA and Its Relationship to Major Depressive Disorder」的成果。研究發現，線粒體 DNA（mtDNA）的數量會發生改變，以響應外部壓力：與對照組相比，重度抑鬱者的唾液和血液中有顯著更多的 mtDNA。在這項研究中，研究人員基於 10442 名漢族女性的低覆蓋度全基因組測序數據，對 mtDNA 水平進行了第一個全基因組關聯研究（GWAS），以探尋什麼可能參與了調控 mtDNA 水平的分子通路。研究人員計算了映射到線粒體基因組中的標準讀取數，作為 mtDNA 數量的一個衡量。該研究中確定了有助於 mtDNA 水平的兩個位點：一個是在 TFAM 基因中，一個是在 CDK6 基因中。這兩個位點是在一個獨立的陣列中複製的。因此，CDK6 是參與控制 mtDNA 的一個新分子。研究人員確定了 MDD 女性中異質性的增長率，利用小鼠模型從一個實驗範式中發現，這種增加可能是因為壓力。此外，該研究發現，至少有一個異質性變異與 mtDNA 數量的變化顯著相關，從而表明位點特異性的異質性可能是壓力和 mtDNA 數量增加之間的一個關聯。這些結果指出，線粒體基因組拷貝數和序列，參與了機體對壓力的響應。

參考文獻：

11,670 whole-genome sequences representative of the Han Chinese population from the CONVERGE project. Sci Data. 2017; 4: 170011.

"Genetic Control over mtDNA and Its Relationship to Major Depressive Disorder" in Curr Biol, volume 25 on page 3170.