從逐一排除到「一鍋端」，二代基因測序，救了這位菲律賓兄弟

如果不是兩個多月前那場突發腦炎，22歲的唐山萬航國際船務代理公司菲律賓籍船員Vicoy可能永遠不會覺得，自己能和二代基因測序發生什麼關係。當時他在船上工作，被一場來勢洶洶的炎症襲擊。6月2日一睜眼，Vicoy發現自己身體出了狀況——左側胳膊和腿沒了力氣，拿東西都拿不穩，還頭疼。

好在船離唐山曹妃甸港不遠。3日，他被送往曹妃甸區醫院。病歷顯示，醫生通過核磁檢查，在Vicoy右側大腦半球發現病灶。「可能是腦血栓。「醫生這麼想著，給Vicoy開了改善循環的藥物。

但效果甚微。

Vicoy繼續頭疼，體溫最高達到39℃。6月8日，Vicoy被轉院到唐山市的三甲醫院——華北理工大學附屬醫院。

華北理工大學附屬醫院的醫生在查看病人情況

神經內科的管床醫師毛文靜是Vicoy的主治醫生。她記得，剛來醫院時，Vicoy體溫38度，左側肢體幾乎完全癱瘓，好在神志還算清楚。

又是一系列檢查。在腰穿之後，醫生看到了呈微黃色的腦脊液。「這絕對有問題。「檢查發現，Vicoy腦脊液白細胞含量高，但糖含量低。「我們初步判斷這是腦膜炎引發腦組織壞死。但腦炎性質不是很確定。」9日，憑著臨床經驗，醫生們嘗試給Vicoy加上了抗結核治療。

但是，還不能確診。

醫生們用常規方法檢測結核菌，始終沒找到。「塗片染色、細菌培養，都沒用。」始作俑者一直身份不明，病人病情穩定了下來，可是依然發熱。醫院神經內科主任劉斌教授知道，重症顱內感染病情兇險，如果遲遲無法對症治療，病人將有生命危險。

得搬救兵。6月12日，劉斌聯繫了北京協和醫院神經內科關鴻志教授。他還有另一重身份。協和醫院神經科從2014年起和華大基因研究院合作，在國內首先開展腦脊液二代測序，用於中樞神經系統感染性疾病的病原體篩查。關鴻志正是這個項目的負責人。

「腦脊液二代測序技術，我們在國際上都領先。」27日，關鴻志接受科技日報記者採訪時說。二代測序是一種新型核酸測序手段，它為高通量測序，可以同時測定幾百萬甚至上億條DNA或者RNA序列，大大加快了全基因組測序的速度，也使得無靶向的病原體廣泛篩查成為可能。傳統檢查技術，是懷疑什麼查什麼，一種一種試；二代測序技術，則是「一鍋端」，它既「廣」，也「快」。

面對不明原因頭疼發熱的Vicoy，關鴻志建議，用二代基因測序技術試試。

華北理工大學附屬醫院神經內科主任劉斌和協和醫院神經內科教授在看患者的片子

6月22日下午，天津華大基因交付病原組統籌人員李媛收到了Vicoy的腦脊液樣本。二代測序技術會檢測出這份腦脊液樣本中所有核酸序列，之後與病原體基因組資料庫進行比對和分析，從而確定感染病原體。一般來說，它需要48小時。這一例，華大基因做了加急處理。23日晚上，檢測報告出爐。

腦脊液中檢出了結核分支杆菌，原來，病人患的確實是結核性腦膜炎。

至此，讓Vicoy發熱頭疼的「元兇」才終於露面。院方緊急加強抗結核治療。強化治療兩三天後，Vicoy的發熱癥狀減輕。

船務公司向華北理工大學附屬醫院神經內科主任劉斌教授送來錦旗

其實，超過一半的中樞神經感染病例都無法明確找出病因，通用方法是進行經驗性治療。「作為一種分子診斷手段，基因檢測為確定中樞神經感染病原體提供了精準結果，非常有意義。」關鴻志說。協和醫院神經重症監護病房曾有5例不明原因發熱的患者,其臨床常見病原體檢測結果均為陰性，用上二代基因測序技術后，最終診斷了EB病毒和草綠色鏈球菌感染。

2016年12月，腦脊液二代測序項目啟動國內多中心研究，和十幾家醫院展開了合作。二代基因測序的成本已經下降，關鴻志覺得，它到了能夠進行大規模臨床推廣應用的時候。

不過，病原體基因組資料庫還需不斷完善，做到本地化。關鴻志舉例說，在豬絛蟲和曼氏裂頭蚴是較常見的神經中樞系統寄生蟲感染類型,但是目前尚沒有這兩種寄生蟲的全基因組數據。在獲得其全基因組數據前,只能將已知的部分基因序列加入資料庫中用於比對,這可能會降低檢測的敏感度。

「而且，光測沒用，還要會『分析』。不然數據只是數據，它躺在那，沒用。」關鴻志說，提高檢測數據的分析和解讀水平，也是助推技術臨床轉化的關鍵。

7月中旬，Vicoy出院。這場看病記，終於有驚無險，平穩結束。